Центр є юридичною особою. До складу Центру входять 20 структурних підрозділів (станцій та підстанцій) екстреної (швидкої) медичної допомоги міст та районів Херсонської області, які не мають статусу юридичної особи.
Керівником Центру є головний лікар, який має 3-х заступників:
Основною складовою частиною Центру є оперативно-диспетчерська служба, якій в свою чергу підпорядковуються всі диспетчерські структурні підрозділи в районах області, а саме станції, підстанції екстреної (швидкої) медичної допомоги міст та районів області.
Центр також має аптечне господарство, кисневе господарство, господарчий відділ та централізований гараж з допоміжними ( ремонтними) службами.
На базі Центру (відділ медицини катастроф та цивільного захисту населення) функціонує навчально-методичний відділ, де проводяться навчання медичних та немедичних працівників з питань надання екстреної медичної допомоги.
До повноважень заступника головного лікаря з економічних питань входить обсяг планових фінансово-економічних питань.
Окремими службами Центру є відділ кадрів та інформаційно - організаційна служба. Крім того, Центр має відділ консультативної екстреної виїзної медичної допомоги до штату якого входять лікарі - консультанти лікувальних закладів обласного рівня.