Організаційна структура центру:
апарат управління;
бухгалтерія;
планово – економічний відділ;
адміністративно – організаційний персонал;
відділ кадрів;
господарсько – обслуговуючий персонал;
відділ зв’язку;
автомобільно – експлуатаційний відділ;
відділ виїзної – консультативної допомоги;
інформаційно – аналітичний відділ медичної статистики;
учбово – тренувальний відділ;
центральна оперативна диспетчерська;
консультативний телеметричний центр;
станція швидкої медичної допомоги м. Миколаєва (центральне відділення, відділення №1, відділення №2, відділення №3);
Первомайська станція швидкої медичної допомоги (4 пункти постійного базування бригад екстреної (швидкої) медичної допомоги);
Новобузька станція швидкої медичної допомоги (2 пункти постійного базування бригад екстреної (швидкої) медичної допомоги);
Вознесенська станція швидкої медичної допомоги (5 пунктів постійного базування бригад екстреної (швидкої) медичної допомоги);
Миколаївська станція швидкої медичної допомоги(7 пунктів постійного базування бригад екстреної (швидкої) медичної допомоги).